(実験医学別冊)
生命科学データ解析をはじめる前に読む本
ゼロから手を動かして学ぶ!Linuxの基本から解析環境の構築、スパコンの利用方法まで

 (実験医学別冊)<br>生命科学データ解析をはじめる前に読む本<br>ゼロから手を動かして学ぶ!Linuxの基本から解析環境の構築、スパコンの利用方法まで
著者
清水 秀幸 (著)
出版社
羊土社
判型
A5
頁数
252
出版年月
2026/05/27
ISBN
9784758122887

概要

生命科学データ解析に必須な知識や普遍的な問題解決力を身につけられる入門書!データ解析の場面で広く使われるLinuxをベースに,実際の生命科学データを用いて手を動かしながら解析手法を学べます.これからデータ解析を始めたい方に向けて丁寧に解説しており,プログラミングが苦手な方にもおすすめです.

目次

はじめに
本書の使い方
第0章 『生命科学データ解析をはじめる前に読む本』を読む前に
1 本書のねらい
2 学習の進め方
3 本書で一貫して大切にしてほしいこと
Part Ⅰ Colabで体験するデータ解析の世界 とにかく真似して動かす
第1章 とりあえず体験してみよう
1 Colabに触れて基本的な使い方をマスターしよう
2 データの読み込みから仮説検定までをRで体験しよう
3 生命科学データ解析の航海に向けて
Column なぜ生命科学データ解析でCSV/TSVが好まれExcel が使われないのか
Column Colabのターミナルからプログラムを実行する
第2章 ファイルや文字列を扱う基本コマンドを覚えよう
1 Linuxの基本知識とコマンドの使い方を知ろう
2 ディレクトリやファイルを自在に扱えるようになろう
3 Linuxの機能とコマンドを組み合わせよう
第3章 「動かない!」を乗り越える問題解決術
1 エラーメッセージとの向き合い方を知ろう
2 エラーの解決策を探せるようになろう
第4章 生命科学データ解析を体験しよう
1 ヒトY染色体上のPAM配列を探せ!
2 coding領域にあるSNPを探せ!
Column ゲノム情報の「住所」を正しく扱うために
第5章 面倒な作業を自動化させよう
1 一連のコマンドをまとめた解析レシピを作ろう
2 より柔軟なスクリプトのための要素を学ぼう
Column 生命科学データ解析に役立つ便利なその他の応用コマンド
Part Ⅱ ローカル環境での実践 自分のデータで試してみる
第6章 自分のPCの環境を整えよう
1 ターミナルを準備して開発環境を整えよう
2 パスを通して自分のコマンドやツールを管理しよう
Column とてもありがたいパッケージマネージャー
第7章 環境を誰かと共有しよう
1 Condaをインストールして仮想環境を構築しよう
2 仮想環境による解析環境を共有しよう
Column conda install とpip install,混ぜるな危険?
第8章 他人が作ったプログラムを再利用しよう
1 VS Codeを導入して快適なローカル環境を整えよう
2 GitHubを使って他人のプログラムを再利用しよう
Column AIとともにコードを書く時代のこれから
Part Ⅲ 未来への羅針盤 今後の研究に活かす
第9章 スパコン・計算サーバーへの接続
1 スパコン利用までの流れを知ろう
2 スパコンの使い方を身につけよう
Column スパコンと仲良くなろう
第10章 そして次のステップへ:広がるデータ解析の世界
1 これまでの学習から広がるデータ解析の航海に出よう
2 さらに学習を深めるためのリソース
Column 生成AI が進歩した後も残り続ける人間の技術はなんだろう?
Column 生命科学データ解析は今後どうなっていくのだろう?
付録 Linuxコマンドの働きとUsage一覧表
おわりに

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